配合國家再生能源政策，本部推動「漁電共生」，在不影響原農業生產下，得以兼顧發展綠能設施，並優化養殖生產環境，減少養殖勞力之付出，防範極端氣候之侵襲，促進產業升級及增進養殖漁民躉電收益，以創造「漁電雙贏」之效益。本部於陸上養殖漁業部分，規劃室內水產養殖設施結合綠能之政策。
依本部主管之「申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法（以下簡稱容許辦法）」第28條之規定，室內水產養殖生產設施得在不影響該設施用途及結合水產養殖經營使用之前提下，於屋頂申請設置綠能設施。
考量室內水產養殖設施所養殖之物種光照需求低，本部目前借鑑光電畜禽舍之成功經驗，主要著重在推動室內循環水養殖設施屋頂結合光電板。此方式不僅不影響養殖生產，還可降低設置成本。
1. 養殖魚塭水域屬農業用地之範疇，應以農業經營生產為主，其設置太陽能光電設施在與養殖經營相結合且不影響養殖漁業生產下，得依據「申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法」第29條規定，申請設置綠能設施；其設置後仍應從事養殖生產，並由直轄市、縣（市）農業主管機關查核其養殖生產情形。
2. 埤塘水域設置太陽能光電設施，因該土地編定為水利用地，該水域無從事養殖及農業生產，以蓄水、防洪、農田灌溉為目的；其申請設置太陽能光電設施等再生能源設施，應依據「非都市土地管制規則」第6條附表1規定，應依水利機關法規之使用許可規定辦理，並確保蓄水、供水及防洪等功能不受影響。
依據「申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法」第29條，申設與農業經營相結合之地面型綠能設施，應以整筆農業用地規劃配置，且綠能設施總面積不得超過申請設施坐落之農業用地土地面積40%。以點狀方式施作之地面型綠能設施於地面上所保留之間隔範圍（即維運通道），倘未鋪設固定基礎之水泥建造物，不計入綠能設施之興建面積。